Koń trojański nie jest wirusem komputerowym, ale ze względu na swoje działanie często bywa z nim utożsamiany. Zasada działania konia trojańskiego jes banalnie prosta. Uruchominy, wykonuje niby to normalną pracę, bezpośrednio wynikającą z przeznaczenia programu (np. gra, demo. program użytkowy), lecz dodatkowo, niejako w tle, wykonuje jakieś niezauważalne dla użytkownika operacje, (najczęściej po prostu niszczy - kasuje lub zamazuje - dane na dysku twardym). Konie trojańskie najczęściej przenoszą się w plikach udających nowe, popularne programy kompresujące (np. PKZIP, ARJ, RAR) lub też udają programy narzędziowe do obsługi dysków.